一、基本描述
中文名稱:氨基烯丙基尿苷三磷酸
英文名稱:Aminoallyl-UTP
CAS號:112131-73-4
結(jié)構(gòu)式:
Aminoallyl-UTP 是一種經(jīng)化學(xué)修飾的核苷三磷酸衍生物,屬于功能化尿苷三磷酸(UTP)類似物。其在尿嘧啶堿基的5位通過烯丙基鏈引入伯胺官能團,使分子兼具天然核苷酸的生物相容性和高度可反應(yīng)性的化學(xué)修飾位點。該試劑可被多種 RNA 聚合酶(如 T7、T3、SP6 RNA 聚合酶)有效識別并摻入新生 RNA 鏈中,是體外轉(zhuǎn)錄標記技術(shù)中應(yīng)用廣泛的修飾核苷酸之一。Aminoallyl-UTP 通常用于轉(zhuǎn)錄后偶聯(lián)熒光染料、生物素或其他功能分子,在轉(zhuǎn)錄組學(xué)、分子診斷、生物傳感及 RNA 示蹤研究中具有重要價值。
二、物理化學(xué)性質(zhì)與結(jié)構(gòu)特性
Aminoallyl-UTP 的分子結(jié)構(gòu)由尿苷、三磷酸基團以及外接的氨基烯丙基側(cè)鏈組成。
分子類型:修飾型核苷三磷酸
外觀:白色至類白色凍干粉末
溶解性:易溶于水或緩沖溶液(如 Tris、HEPES 緩沖體系)
穩(wěn)定性:在 ?20 °C 條件下可長期保存,避免反復(fù)凍融
官能團特性:含有游離伯胺(–NH?),可與 NHS 酯、異硫氰酸酯等活性基團發(fā)生高效共價反應(yīng)
其三磷酸結(jié)構(gòu)保證了在體外轉(zhuǎn)錄過程中能夠被 RNA 聚合酶識別并參與磷酸二酯鍵的形成,而側(cè)鏈氨基則遠離堿基配對區(qū)域,不會顯著干擾 RNA 的正常結(jié)構(gòu)與功能。這種“先摻入、后標記”的設(shè)計,使得 RNA 標記過程更為溫和、可控,并避免了直接使用大體積熒光核苷酸對轉(zhuǎn)錄效率的不利影響。
三、應(yīng)用領(lǐng)域
RNA 熒光標記
Aminoallyl-UTP 是微陣列(RNA microarray)和熒光 RNA 探針制備的經(jīng)典試劑。通過體外轉(zhuǎn)錄引入氨基修飾后,可與 Cy3、Cy5、Alexa Fluor 等熒光染料進行后修飾偶聯(lián),實現(xiàn)高信噪比標記。
轉(zhuǎn)錄組學(xué)與芯片分析
在基因表達譜分析中,Aminoallyl-UTP 常用于制備標記 RNA,用于 cDNA/RNA 芯片雜交,具有標記均一、背景低、重復(fù)性好的優(yōu)勢。
生物素化 RNA 制備
利用氨基與 NHS-生物素反應(yīng),可獲得生物素標記 RNA,用于 RNA pull-down、RNA–蛋白相互作用研究及核酸富集分析。
RNA 成像與示蹤
在細胞和體外模型中,標記 RNA 可用于研究 RNA 的定位、轉(zhuǎn)運、穩(wěn)定性及降解行為,是 RNA 生物學(xué)研究的重要工具。
生物傳感與納米生物技術(shù)
Aminoallyl-UTP 標記的 RNA 可進一步與納米材料、表面修飾基底偶聯(lián),用于構(gòu)建核酸傳感器和功能化生物界面。
四、合成與使用原理
Aminoallyl-UTP 的合成通?;谀蜍展羌艿亩c化學(xué)修飾,通過在堿基5位引入烯丙基鏈,再進行氨基化處理,最后連接三磷酸基團,得到高純度修飾核苷酸。產(chǎn)品經(jīng)嚴格純化和質(zhì)控,確保其在體外轉(zhuǎn)錄體系中的兼容性。
在實際應(yīng)用中,Aminoallyl-UTP 通常與天然 UTP 按一定比例混合使用(如 1:3 或 1:4),既可保證 RNA 轉(zhuǎn)錄效率,又能提供足夠的反應(yīng)位點用于后續(xù)標記。轉(zhuǎn)錄完成后,再進行染料或功能分子的偶聯(lián)反應(yīng),從而獲得高質(zhì)量、功能可控的標記 RNA。
五、總結(jié)
Aminoallyl-UTP(CAS:112131-73-4)是一種兼具生物兼容性與化學(xué)可修飾性的高性能核苷酸衍生物,是 RNA 后修飾標記領(lǐng)域的核心試劑之一。其在轉(zhuǎn)錄組學(xué)、生物成像、分子診斷和 RNA 功能研究中具有不可替代的作用,廣泛應(yīng)用于科研與生物技術(shù)開發(fā)中。
產(chǎn)地:西安齊岳生物科技有限公司
文中提到的產(chǎn)品僅用于科研,不能用于人體及其他用途。
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